От Файюма и Дельты не отставал в отношении религиозного почитания Себека и Верхний Египет. Памятниками отмечается в этой части Египта целый ряд местностей с более или менее развитым культом Себека. Важнейшим центром его культа здесь является, несомненно, город Ht-nbjt, греч. Омбос, теперь Коm Ombos, первоначально бывший лишь небольшою крепостью в номе T;-hntj (1-й ном Верхнего Египта), служившею для отражения набегов нубийских племен на южно-египетскую границу, при Птолемеях же ставший главным городом нового омбитского нома и одним из важнейших городов Египта вообще. Город лежал на правом берегу Нила, занимая собою часть возвышенного плато, окруженного массою нагромождающихся одна на другую скал, расселины которых, омываемые Нилом, были столь же привлекательны для крокодилов, как и болота и заросли Файюма и Дельты. Раскопки развалин Омбосского плато, производившиеся в 1895 году Главным Управлением Попечения о Древностях увенчались открытием большого храма в южной его части. Как показывают надписи и изображения этого храма, воздвигнутого при Птолемеях, он был посвящен двум божествам - Себеку и Гор-уру, при чем, по-видимому, оба они занимали в Омбосе положение равноправных божеств; по крайней мере, из упомянутых храмовых надписей и изображений не видно, чтобы в глазах местного жречества один из этих богов имел предпочтение пред другим. Живя под одною храмового кровлей,  Себек и Гор в тоже время обладали, однако, каждый своим особым культом. У каждого из них были свои особые богослужебные обряды, совершенно независимые от обрядов бога-соседа, свои специальные празднества, справлявшиеся в дни, отличные от праздничных дней другого омбосского божества и т.п. Обособленность культов двух божеств, обитавших в одном и том же храме, сильно отразилась на плане омбосского храмового здания, придав последнему существенную особенность сравнительно с другими египетскими храмами, именно - разделение его на две совершенно отдельные одна от другой и в тоже время, по-видимому, одинаковые по величине и форме половины - нефа. Из этих двух параллельных половин, тянущихся по продольной оси храмового здания, идущей в направлении с востока на запад, северная была посвящена культу Гор-ура, а южная - Себеку. Деление на две самостоятельные части охватывает собою все храмовые помещения. Так, например, в храмовом пилоне имеется две двери, из которых два параллельных хода ведут один к святилищу Гор-ура, другой - к святилищу Себека; для хранения священных барок этих богов служат две отдельные комнаты; храмовые залы распадаются каждая на две самостоятельные половины; на храмовом дворе стоят два жертвенника и два сосуда для жертвенных возлияний или для богослужебных омовений самые надписи и изображения, распределены между обеими половинами храма таким образом, что те из них, которые посвящены Себеку, помещены главным, да почти и исключительным образом в Себековой храмовой половине, а имеющие отношение к Гор-уру и его культу - в половине Гор-уровой. Кроме своего обычного названия T;-nbjt и священного обозначения ht-Hr "дом, жилище Гор(-ур)'а" Омбос также и в честь Себека носил священное имя pr-Sbk "дом, жилище Себека". Несколько на восток от храмовой площади, у теперешней деревни El-Chatb раскопками обнаружены места крокодильих погребений. На монетах омбосскаго нома обычно выступает изображение крокодила, подобно тому как это иметь место в менелаитском и онуфитском округах. Как видно из вышеизложенного о Себеке в Омбосе, этот бог считался здесь местным, вполне равноправным с другим божеством омбосского нома - Гор-уром, если только не пользовался даже некоторым предпочтением сравнительно с ним.